Cây trồng biến đổi gen là một chiến lược lớn và mới trong nông nghiệp trên thế giới và Việt Nam. Vấn đề này cũng đang còn có nhiều ý kiến khác nhau. Hiện nay ở nước ta đang bắt đầu sử dụng các giống bắp, cây bông vải biến đổi gen kháng sâu. Đây là công nghệ chuyển gen tạo tinh thể protein độc tố diệt sâu của vi khuẩn Bacillus thuringiensis (Bt) vào cây trồng, gọi tắt là giống bắp Bt, giống bông Bt. Như vậy sau khi được chuyển gen Bt, cây trồng có khả năng tự sản xuất ra độc tố trừ sâu. Cấc giống bông Bt, bắp Bt có khả năng diệt sâu trong bộ cánh vảy (Lepidoptera) là chính. Quá trình chuyển gen Bt vào cây trồng là công việc có tính chất sinh học. Tuy nhiên, cây trồng được chuyển gen có khả năng sản sinh ra tinh thể protein độc làm chết sâu khi ăn phải cây trồng. Như vậy khả năng diệt sâu của cây có gen Bt là cơ chế hóa học. Do vậy, trồng giống cây Bt lâu ngày sâu cũng sẽ quen dần và kháng giống cây Bt như kháng một hóa chất trừ sâu nào khác. Trong thực tế, sản xuất ở các nước, các giống cây chuyển gen Bt có tác dụng khống chế sâu hại, giảm lượng thuốc trừ sâu sử dụng, và có hiệu quả kinh tế nhất định.
Qua nghiên cứu 8 năm (1998-2006) của Ấn Độ, các địa phương trồng giống bông Bt có khả năng hạn chế sâu hại trên cây bông vải, nhưng còn phải phun thuốc trừ sâu từ 30-50% so với ruộng không dùng giống bông Bt. Như vậy dùng giống chuyển gen chỉ có tác dụng giảm mật độ sâu ở mức độ giới hạn. Nếu không có chương trình đổi giống liên tục thì mức độ phá hại của sâu sẽ ngày một nặng hơn, đến lúc sẽ không còn tác dụng, vì sâu trở nên quen và kháng giống bông Bt.
Trước đây sản xuất bông phụ thuộc nhiều vào thuốc trừ sâu hóa học. Số lần phun thuốc trừ sâu lên đến 15- 20 lần/vụ nhưng hiệu quả phòng trừ rất thấp, Có lúc càng phun thuốc mật độ sâu càng lên cao. Sâu xanh bùng phát một cách mãnh liệt, gối lứa liên tục, biện pháp thuốc hóa học có mạnh đến mấy cũng trở nên đầu hàng. Khi bắt đầu quy trình IPM trên cây bông, quần thể thiên địch trên đồng bông luôn được bảo tồn, đủ sức quản lý dịch hại, nhất là sâu xanh ở mức có hiệu quả kinh tế. Số lần phun thuốc hóa học đã giảm từ 15-20 lần/vụ xuống chỉ còn 0 - 2 lần, và năng suất bông tăng lên gấp hai, ba lần so với trước. Gánh nặng sâu hại và phun thuốc hóa học trên cây bông như nhiều người đã từng nói “cây bông đi đến đâu thuốc trừ sâu đến đấy” đã không còn nữa.
Cốt lõi của chương trình IPM trên cây bông ở Việt Nam là áp dụng tổng hợp các biện pháp nhằm bảo tồn thiên địch, duy trì sự cân bằng sinh thái có lợi trên đồng bông, đủ sức khống chế sâu hại có hiệu quả. Với kết quả đó, trong nhiều năm, trên đồng bông, sâu xanh vẫn xuất hiện nhưng không còn là dịch hại. Cùng với sự giảm thiểu của số lượng sâu xanh, rầy mềm, sâu đo, sâu xanh da láng, sâu hồng, bọ trĩ vẫn luôn có mặt trên suốt vụ bông nhưng không phát triển thành dịch. Đó là một thành công có giá trị khoa học và thực tiễn trong nghề trồng bông của Việt Nam, được tổ chức FAO đánh giá cao và phổ biến kinh nghiệm cho các nước châu Phi. Từ đó, theo chúng tôi, trong điều kiện nhiệt đới ẩm như ở Việt Nam, việc quản lý địch hại trên cây bông vải theo quan điểm quản lý dịch hại tổng hợp trên cơ sở bảo tồn thiên địch trong tự nhiên sẽ có hiệu quả quản lý được dịch hại, đơn giản và có hiệu quả kinh tế, không cần phải sử dụng giống bông chuyển gen kháng sâu.
Việc sử dụng cây trồng chuyển gen kháng thuốc trừ cỏ có nghĩa là khuyến khích sử dụng thuốc trừ cỏ trong sản xuất nông nghiệp. Tuy nhiên chúng ta thử phân tích mặt lợi, hại của sử dụng thuốc trừ cỏ và nên như thế nào. Ưu điểm của sử dụng thuốc trừ cỏ là để tiết kiệm công lao động làm cỏ trong sản xuất. Tuy nhiên mặt có hại là rất lớn, việc làm cỏ liên tục trên ruộng cây trồng cạn sẽ làm đất trơ ra, bị rửa trôi, ngày càng làm nghèo đất canh tác. Thuốc trừ cỏ sẽ trực tiếp giết chết các sinh vật trong đất, nhất là vi sinh vật (VSV). Ví dụ, hiện nay đã có một số loại cây trồng được chuyển gen kháng thuốc trừ cỏ Vifosat (Glyfosate). Đó là thuốc trừ cỏ không chọn lọc, hiệu lực cao, đặc biệt là những loại cỏ khó trị.
Như vậy, khi đưa Vifosat vào đất lâu ngày sẽ giết chết hầu hết sinh vật trong đất, nhất là VSV. Đó là điều tồi tệ nhất, làm giảm sức sống, giảm đa dạng sinh học trong đất, đó là viễn cảnh không có lợi cho đất và cây trồng trong lâu dài. Hiện nay, trong quan điểm canh tác bền vững, bảo vệ đất, cần khuyến khích trồng cây có phủ đất (mulching) bằng xác bã thực vật hoặc trồng cỏ, không làm sạch cỏ trong vườn đối với đất cây trồng cạn. Từ đó, chúng ta có suy nghĩ rằng không nên sử dụng cây trồng chuyển gen kháng thuốc trừ cỏ.
Bằng con đường nhân tạo đã tác động biến đổi được gen trong cơ thể động, thực vật là một thành công to lớn của con người, nhưng sử dụng công nghệ đó như thế nào cho đúng trong từng trường hợp cần phải tính toán xem xét thận trọng, nhất là đối với sinh thái, môi trường và lợi ích của xã hội.
