Kết quả xác định trình tự gen cytb. NAD4, 16S rRNA của các rùa đã thu thập được đăng ký trong Ngân hàng gen quốc tế với các mã số: AJ607405; AJ607406; AJ607407; AJ607408; AJ608763; AJ608764; AJ608765; AJ608766.
Kết quả phân tích về hình thái và trình tự gen đã khẳng định các mẫu xương rùa thu nhận tại các địa điểm khác nhau trên đều cùng một loài và khác biệt với loài rùa Rafetus swinhoei (Thượng Hải, Trung Quốc) (Le Tran Binh, et al., 2010).
Qua kết quả phân tích gen mẫu máu “cụ rùa” hiện sống tại hồ Hoàn Kiếm, các nhà khoa học của Viện Công nghệ sinh học thuộc Viện Công nghệ Khoa học và Công nghệ đã khẳng định: “cụ rùa” hiện sống tại hồ Hoàn Kiếm là cùng loài với rùa đã thu tại Quảng Phú, (Thanh Hóa), Suối Hai (Hà Tây), Hương Ký (Hà Nội) và đây là loại rùa lớn mai mềm nước ngọt đặc hữu của Việt Nam và được đặt tên là Rafetus vietnamensis.