Nước trong các ao cũng là nước biển nhưng có độ trong hơn nước triều ngoài bãi. Chi tiết đáng chú ý nhất trong khu vực trại nghêu vỗ béo là hệ thống cống điều tiết nước kín đáo nhưng duy trì sự hoạt động tuần hoàn vô ra của nước biển. Mực nước chết được xác định khi đặt cống/bọng giữ lại nước trong ao phù hợp với sự sinh trưởng của nghêu, trên mực đó nước vô ra bình thường. Cống/ bọng xả sẽ đóng mở khi cần hạ tối thiểu để thu hoạch nghêu. Với trại nghêu thì máy bơm rất ít khi phải hoạt động.
Anh Mai Trọng Thịnh, quản lý kiêm kỹ thuật chính cho biết: “Ngoài việc rút gần cạn để thu hoạch cho thuận lợi và khi cần thay nước hay khi làm vệ sinh ao mới phải bơm nước ra. Sau khi thu hoạch xong, lấy nước vô ao làm lứa khác thì 1 - 2 con triều là đủ”.
Hoạt động chính của trại là thu gom nghêu của bà con nuôi và đánh bắt tự nhiên ngoài bãi biển, đổ vào các ao nuôi theo thứ tự từ ao 1 đến ao 10. Sau khi nuôi chừng 1 - 1,5 tháng thì vớt nghêu lên bán cũng theo thứ tự ấy. Việc thu hoạch nghêu trong ao còn phụ thuộc vào nhu cầu của thị trường. Những mối bán quen thuộc được ưu tiên để duy trì và xây dựng mạng lưới tiêu thụ nghêu không có bùn. Đặc biệt là mối bán nghêu cho khách du lịch biển Cần Giờ, khách cần ăn liền rất yên tâm vì trong miệng nghêu không có bùn đất như nghêu mới vớt ngoài bãi.
Hệ thống ao vỗ béo nghêu thực hiện việc điều tiết thị trường: khi thị trường có giá cao do khan hiếm hàng thì vớt bán, khi thị trường giá thấp thì nuôi dự trữ nghêu dưới ao; giá mua, giá bán luôn có lợi trong khi người tiêu dùng được thưởng thức nghêu lúc nào cũng béo, ngọt.
Anh Thịnh cho biết thêm: “Nghêu thuộc loài nhuyễn thể hai mảnh, sống vùi mình trong cát bãi biển. Nếu như nuôi nghêu ngoài bãi biển theo lịch thời vụ chỉ việc đóng cọc, giăng lưới, thả nghêu giống chờ đến ngày thu hoạch thì nuôi nghêu vỗ béo là công đoạn tiếp nối phía sau. Trước khi thả nghêu vào từ 5 - 10 ngày thì ao phải được cân đong và điều chỉnh dựa theo các chỉ số của Viện nghiên cứu thủy hải sản để có nghêu thịt sản phẩm thu hoạch cao nhất.
Cụ thể, nghêu có thể tồn tại trong môi trường bùn pha cát đáy ao thích hợp là 60 - 70% cát. Nghêu có thể sống trong môi trường nước có nhiệt độ từ 12,2 - 35,60C, thích hợp nhất ở 24 - 300C, tăng trưởng mạnh ở nhiệt độ nước 23 - 280C. Ngưỡng pH thích hợp cho thủy sinh vật trong đó có nghêu là 6,5 - 9. Độ mặn thích hợp cho nghêu là 11 - 33l, tăng trưởng tối ưu ở 19 - 23l.
Cũng theo Viện nghiên cứu thủy hải sản, nghêu là động vật không có khả năng chủ động săn mồi, biết di chuyển đến nơi giàu thức ăn hơn. Chúng ăn lọc (lọc nước tìm thức ăn và tiêu hóa), không có khả năng chọn lọc thức ăn, 90% thức ăn là mùn bã hữu cơ, còn lại là sinh vật phù du, chủ yếu là tảo silic, tảo giáp, tảo lam, tảo lục và tảo kim.
Tại Trại nghêu Bà Thu có trang bị kính hiển vi để phân loại, đo đếm mật độ tảo, trang bị các công cụ đo pH, nhiệt độ nước, có bể nuôi cấy tảo làm thức ăn cho nghêu (lấy giống tại Viện nghiên cứu thủy hải sản), vôi hạ phèn, nguồn vi sinh vật và nhân nuôi thả xuống ao làm thức ăn cho nghêu.