Theo kết quả nghiên cứu, có thể chia làm hai nhóm nguyên nhân: khách quan và chủ quan.
Nguyên nhân khách quan, đầu tiên có thể kể đến là do mưa ngày càng tăng, nếu trước đây cứ 5 năm mới có những cơn mưa trên 100 mm, thì nay chỉ 3 năm đã thấy xuất hiện, còn những cơn mưa khoảng 100 mm thì... năm nào cũng có! Điều đáng lưu ý, do chịu tác động của nhiều nhân tố khác nhau, lượng mưa trung bình từ 30 - 40 mm cũng có thể gây ngập.
Nguyên nhân thứ hai là do ảnh hưởng của triều cường, mực nước triều lớn nhất ngày càng gia tăng. TP.HCM chịu ảnh hưởng của chế độ bán nhật triều không đều, mực nước triều lớn nhất ngày càng gia tăng (từ 1,48 m năm 2009 đến 1,68 m năm 2013). Như vậy, diện tích đất có cao độ nhỏ hơn mực nước này, nếu không có hệ thống thoát nước thì thường xuyên bị ngập. Diện ngập và độ sâu ngập sẽ lớn hơn khi có triều cường truyền vào kênh rạch, kết hợp với lũ từ các công trình trên thượng lưu xả về và mưa lớn cùng xảy ra.
Nhóm nghiên cứu lưu ý, lâu nay nhiều người vẫn cho rằng nguyên nhân biến đổi khí hậu làm mực nước biển dâng cao. Nhưng thực tế, từ năm 1995 - 2010, nước biển chỉ dâng cao tối đa 2 cm, trong khi thủy triều khu vực TP.HCM lại dâng tới 20 - 25 cm và đang có xu thế tiếp tục cao. Do địa hình tự nhiên của thành phố ở ven biển lại thấp trũng, quá trình đô thị hóa tăng nhanh, nhiều kênh rạch tự nhiên bị san lấp làm giảm khả năng điều tiết triều tạo nên nguy cơ dồn ứ nước vào vùng trũng là rất lớn. Các hiệu ứng tự nhiên ngày càng bất lợi cho việc thoát nước như biến đổi của lượng mưa, cường độ mưa theo không gian và thời gian, mực nước triều ngày càng cao, đất lún nhiều hơn... ngập úng cũng sẽ nghiêm trọng hơn.
Nguyên nhân thứ ba là ngập do lũ Tây Nam bộ, Đông Nam bộ. TP.HCM nằm ở hạ lưu sông Sài Gòn - Đồng Nai và sông Vàm Cỏ trực tiếp ăn thông ra biển. Lũ lớn từ các sông trên từng gây ngập lụt nghiêm trọng cho thành phố. Triều cao bất thường, nước dâng do gió bão cũng xảy ra liên tục. Việc xả tràn từ các hồ Trị An, Dầu Tiếng, Phước Hòa, Thác Mơ,… tạo nên một khối lượng nước khổng lồ đổ về, cùng lúc đó triều cường qua cửa Lòng Tàu, Soài Rạp từ biển ập vào vùng đất thấp phía nam thành phố tiếp giáp với biển khoảng từ 75 - 80 km. Khối lượng nước dồn ứ từ nguồn và biển này tất nhiên là nguyên nhân và áp lực gây ngập cho thành phố ở tất cả vùng thấp trũng, chiếm một tỷ trọng diện tích rất cao.
TP.HCM cũng chịu ảnh hưởng của biến đổi khí hậu, nước biển dâng. Theo kịch bản biến đổi khí hậu, nước biển dâng do Bộ tài nguyên và môi trường biên soạn năm 2012, nếu nước biển dâng cao 0,5 m thì diện tích có nguy cơ bị ngập của thành phố là 13,3%.
Nguyên nhân thứ năm là do vị trí tạo thành một “Đô thị ngập triều”. TP.HCM là vùng đất thấp, nguyên là vùng đầm lầy ngập mặn, có nhiều cửa sông rạch chảy ra biển. Mặt đất từ xưa có độ dốc tự nhiên thấp dần từ phía bắc xuống phía nam. Độ cao trung bình từ 5 - 9 m từ huyện Củ Chi phía bắc thấp dần xuống huyện Nhà Bè, Cần Giờ ở phía nam, dần gần với độ cao của mặt biển.TP.HCM nằm ở hạ lưu hệ thống sông Đồng Nai - Sài Gòn nên được gọi là “Đô thị ngập triều” với 61% diện tích là vùng đất thấp trũng và gần 7.900 km hệ thống kênh rạch chằng chịt, cũng là hệ thống thoát nước.
Trên cơ sở phân tích tính toán kết quả khảo sát được, đối chiếu với mục tiêu của các dự án, đã và đang triển khai kết hợp với việc tham khảo các kết quả nghiên cứu của các tác giả khác về đề tài thuộc lĩnh vực này, nhóm nghiên cứu đưa ra kết luận: trong các nguyên nhân gây ngập được khảo sát thì: do không có hệ thống thoát nước hoặc công tác quản lý đô thị yếu kém là nguyên nhân tồi tệ nhất (89%); do hệ thống thoát nước xuống cấp hoặc bị tắc nghẽn là nguyên nhân tồi tệ thứ hai (85%); ngập lụt do triều cường của sông ngòi (80%); do ảnh hưởng của biến đổi khí hậu, do địa hình và điều kiện thủy văn, và do các nguyên nhân khác (9%).