Ngay từ những ngày đầu mới hình thành, Bảo tàng được quản lý bởi Viện Khoa học Đông Dương. Đến năm 1954 được quản lý bởi Viện Nghiên cứu Nông học Sài Gòn. Từ năm 1993 đến nay, Viện Sinh học Nhiệt đới trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam được giao nhiệm vụ trực tiếp quản lý, bảo trì và phát triển tài sản này.
Hiện nay, bảo tàng thực vật đang lưu giữ hơn 80.000 mẫu tiêu bản, đặc biệt trong đó có 300 mẫu type, của khoảng 10.000 loài thực vật có mạch được sưu tập trong giai đoạn từ những năm 1861-1954 trên bán đảo Đông Dương bởi các nhà thực vật học nổi tiếng người Pháp như: Thorel, Harmand, Pierre, Bon (cuối thế kỷ 19) và Poilane, Pételot, Chevalier, Eberhardt (thế kỷ 20). Đây cũng là bộ sưu tập được các nhà thực vật sử dụng để làm cơ sở cho việc biên soạn bộ sách nổi tiếng bằng tiếng Pháp “Thực vật chí Đông Dương - Flore Générale de l'Indochine”. Bên cạnh đó, hàng năm ITB - VAST còn bổ sung vào bảo tàng từ 200-300 mẫu tiêu bản thông qua các đề tài, dự án, các hợp tác trao đổi mẫu giữa ITB với các đối tác trong nước và quốc tế.
Cùng với bộ sưu tập thực vật, bảo tàng còn lưu giữ khoảng hơn 2.000 đầu sách chuyên ngành. Trong đó, có nhiều cuốn sách không chỉ có giá trị khoa học mà còn có giá trị cổ xưa, thể hiện sự hiểu biết của con người đối với thế giới thực vật trong những giai đoạn đầu tiếp cận như: Horti rarorium plantarum (Comelino J. 1697), Classes plantarum (Linné C.A. 1738), Flora cochinchinensis (Loureiro 1790),...
Bảo tàng thực vật đã và đang xúc tiến nhiều hợp tác nghiên cứu cũng như trao đổi khoa học, trao đổi mẫu vật với nhiều đối tác trong nước và quốc tế như Đại học Nam Carolina, Hoa Kỳ; Đại học Kyushu và Đại học Kyoto Nhật Bản; Bảo tàng tự nhiên Paris, Pháp; Vườn thực vật Praha, Cộng hòa Séc; Đại học Reading Vương quốc Anh,… Được sự hỗ trợ hàng năm của VAST, bảo tàng đang từng bước hoàn thiện cơ sở dữ liệu và số hóa mẫu vật nhằm kết nối và chia sẽ thông tin toàn cầu thông qua chương trình Brahms online của Đại học Oxford “http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/vnm”. Mỗi năm bảo tàng còn đón tiếp hàng trăm lược khách mà chủ yếu là các nhà thực vật, học viên cao học, sinh viên… trong nước và quốc tế đến tra cứu, tham quan, học tập.
Một số hình ảnh về Bảo tàng Thực vật:
Mẫu tiêu bản thực vật được lưu giữ và bảo quản trong bảo tàng
Bảo trì và sắp xếp mẫu tiêu bản thực vật trong bảo tàng
Hệ thống chụp ảnh và số hóa mẫu tiêu bản thực vật của bảo tàng
Thư viện sách chuyên ngành của bảo tàng
