Tuy nhiên, các doanh nghiệp sản xuất kinh doanh chủ yếu nhập khẩu giống, nên tính thích nghi của một số giống đạt được chưa cao. Các doanh nghiệp cũng chưa mạnh dạn mở rộng quy mô, đầu tư công nghệ hiện đại vào sản xuất giống nên việc nghiên cứu lai tạo sản xuất các loại giống để cung ứng cho thị trường còn nhiều hạn chế.
Trên địa bàn thành phố cũng có 20 tổ chức nuôi cấy mô thực vật cung cấp khoảng 16 triệu cây giống cấy mô/năm (chủ yếu là các giống lan) để phục vụ mở rộng sản xuất hoa kiểng cho thành phố và các tỉnh và một số giống khác như: hoa nền, mai vàng, kiểng lá, cây dược liệu, dừa sáp, chuối…