Ba ba là loài ăn tạp, lúc thiếu mồi chúng ăn cả những loại thức ăn thối rữa nên hệ tiêu hóa của chúng chứa rất nhiều vi sinh vật gây bệnh. Theo các chuyên gia của Hội thủy sản Nhật Bản, trong hệ tiêu hóa của ba ba có tới 300 loài vi khuẩn hiếu khí và trên 400 loài vi khuẩn kỵ khí, trong số đó có nhiều loài có thể gây bệnh cho người. Khi ba ba còn sống, vi khuẩn theo phân ra ngoài, nhưng khi ba ba chết thì các vi khuẩn và chất độc sẽ tồn đọng và ngấm vào thịt.
Điều đáng quan tâm là những chất độc và vi khuẩn gây bệnh này thường rất bền với nhiệt độ, ít bị phân hủy khi đun nấu. Chất histamin thường có hàm lượng cao trong thịt ba ba chết, do sự phân hủy chất đạm. Histamin là chất rất độc cho cơ thể, làm phát sinh tiêu chảy, đỏ bừng mặt, đau bụng, ngứa toàn thân, nổi mề đay...
Tóm lại, không nên ăn thịt ba ba đã chết, không dùng máu ba ba làm tiết canh và không ăn thịt ba ba chưa nấu chín.