Ưu tiên cao nhất cho an toàn của thí sinh và người tham gia làm thi, đợt thi thứ 1 được Bộ GD&ĐT chỉ đạo tổ chức cho thí sinh không có F, thí sinh ở những nơi không bị phong tỏa hoặc thực hiện giãn cách xã hội theo Chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ. Bộ GD&ĐT khuyến khích những khu vực có nguy cơ lây nhiễm cao, địa phương thực hiện xét nghiệm Covid-19 bắt buộc cho toàn bộ thí sinh, cán bộ làm thi. Những nơi chưa có nguy cơ, nếu có điều kiện thì tổ chức xét nghiệm được nhiều nhất có thể.
Việc kiểm soát và đảm bảo an toàn phòng chống dịch cho cán bộ, giáo viên, nhân viên ở khu vực in sao đề thi, làm phách… được thứ trưởng đặc biệt lưu ý. Bởi ở những không gian khép kín, biệt lập này chỉ cần có một mầm bệnh là nguy cơ lây lan cho tất cả những người tham gia là rất lớn. Trưởng ban chỉ đạo cấp quốc gia kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021 đồng thời lưu ý làm tốt công tác tập huấn quy chế để nâng cao năng lực làm thi của cán bộ, giáo viên; tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra kỳ thi; chuẩn bị cơ sở vật chất và đảm bảo các yêu cầu về an ninh thông tin, an toàn, trật tự cho kỳ thi.